Рейн, протекающий в западной части Германии, является главной водной магистралью страны. Протекая через Боденское озеро, он служит естественной границей, разделяющей Германию, Швейцарию и Францию. В предгорьях Альп в Рейн впадает большое количество притоков.

Между Бингеном и Бонном эта река прорезает глубокое ущелье в Рейнских Сланцевых горах, далее выходит на Северо-Германскую низменность и впадает в Северное море. Большинство других рек страны начинается в горах Средней Германии. В основном это притоки Рейна, но есть и самостоятельные реки, например Везер и Эльба, которые несут свои воды в Северное море. Одер и его основной приток Нейсе также берут начало в горах Средней Германии. На юге страны в Шварцвальде начинается Дунай, который течет на восток. Его водный режим формируется в основном под влиянием берущих начало в Альпах правых притоков.

Большая часть крупных рек Германии полноводны, так как в течение года получают равномерное дождевое питание. Замерзают примерно на 1-1,5 месяца. Дунай и Рейн особенно полноводны весной и летом, когда тают снега и горные ледники. Всё это обуславливает большую транспортную роль рек в Германии.

Важнейшие водные артерии ФРГ соединены между собой каналами, что делает внутренние перевозки очень эффективными. Очень важную экономическую роль играет Кильский канал. Есть также большое количество внутренних озер, крупнейшие из которых – это Боденское озеро (539 кв. км), которое называют также «Швабским морем». В этом озере водятся около 30 различных пород рыб, что вполне может способствовать развитию рыболовного промысла. Второе место по площади занимает озеро Мюритц (115 кв. км) – одно из самых крупных озер на Северо-Германской низменности, которая носит название Мекленбургское озерное плато.

Важнейшей воднотранспортной задачей в связи с объединением Германии признана модернизация Среднегерманского канала и его восточного продолжения до Берлина и Одера. Для обеспечения водой крупных агломераций созданы сложные системы водосбора; практикуется межбассейновая переброска воды (например, из бассейна Дуная и Боденского озера в агломерацию Среднего Неккара). Снабжение населения питьевой водой примерно на 9/10 обеспечивается использованием ресурсов подземных вод. В стране, особенно в зоне Среднегерманских гор, много источников лечебных минеральных вод, на базе которых возникли курорты.