Близ границы с Чехией на юге страны в 1970 году был основан Национальный парк, площадью более 150 тыс. га. Вместе с прилегающим к нему со стороны Чехии Национальным парком «Шумава» составляет самый большой массив сплошного леса в Европе. Здесь охраняются природные комплексы равнинных и горных широколиственных лесов с их многочисленными обитателями.

Здесь встречаются лось, европейский благородный олень, косуля, волк, лисица, европейская лесная кошка, лесная куница, барсук, черный хорь, ласка, горностай и четыре вида летучих мышей, а ю птиц – тетерева, глухари, куропатки, а также беркут, сапсан и другие пернатые хищники. Экосистемы парка, несмотря на заповедный режим, периодически страдают из-за кислотных дождей, причиной которых является близкое соседство с промышленной Баварией.

Этот старейший немецкий заповедник на юго-востоке страны общей площадью 20 тыс. га был основан в 1936 году. Охраняет природные комплексы девственных широколиственных лесов и верещатников, а также окультуренные ландшафты, возникшие еще в XVIII веке. Значительную ценность заповедника, наряду с разнообразной лесной и луговой фауной представляет уникальная флора в которой выделяются искусственно посаженные сосновые боры трехсотлетнего возраста.

Национальный парк, расположенный в верховьях реки Эльбы, недалеко от границы с Чехией был основан относительно недавно, в 1990 году. Его общая площадь около 30 тыс. га. Охраняет уникальный ландшафт глубоко врезанной речной долины в Рудных горах, изобилующей скальными останцами в виде башен, шпилей и куполов, а также водопадами и обрывами. Живописность местности привлекает в парк множество туристов, а неприступность скалистых ущелий Мейсена позволила уцелеть здесь редким представителям животного мира Центральной Европы: сернам. Серна населяет крутые склоны гор по всей Южной Европе – от Пиренеев до Кавказа. Эта козочка длиной всего 1,3 м и ростом 70 см весит чуть больше 30 кг. Летняя рыжая окраска серны зимой сменяется на черно-бурую, а маленькую головку украшают совсем крохотные, меньше 10 см, рожки, эффектно загнутые назад.

На скалистых обрывистых склонах хребтов серны пасутся небольшими табунками по 5–6 голов, поднимаясь порой до высоты 4500м над уровнем моря. Часть животных летом обитает на альпийских лугах, спускаясь на зиму в лесной пояс гор, а часть живет в лесу постоянно. В теплое время пищей им служат травы и цветы, а зимой серны переходят на ветки, побеги и почки. Любят они также каштаны и желуди.

Расположен заповедник на севере страны, близ границы с Данией. Он занимает территорию Северо-Фризских островов в Северном море. Основан в 1974 для охраны природных комплексов прибрежных песчаных отмелей, в том числе низменных участков (ваттов), заливаемых во время прилива и обсыхающих при отливе, а также более возвышенной полосы побережья (маршей), заливаемой лишь во время особенно высокого прилива или штормового нагона морской волны.

Весной и осенью прибрежные отмели Северо-Фризских островов являются важнейшим пунктом отдыха мигрирующих птиц на главном в Европе Восточно-Атлантическом пролетном пути пернатых.